研究太湖污染多年的河海大学教授刘凌介绍，目前太湖水底泥中，40%的磷是因为农业面源污染，另外三分之一是生活污水，工业污染只占了很小的一部分。
而在太湖周边的围栏养殖，也对太湖水质有所损害。太湖水产品丰富，饲养投放的饵料成为水中有害藻类生长的肥料,加重了水质的富营养化。
目前，太湖的富营养化已呈积重难返之势，甚至达到了单个的、短期的、片面的措施根本无力回天的程度。
治藻—治污：政府治理难题
数天内，无锡市政府采取了一系列措施，自来水厂水质强化处理、打捞蓝藻、调水引流、人工增雨对策等。
“但这都只是短期应急的办法，不能把这些作为根本解决问题的方式�！焙雍４笱Ы淌诹趿杷�。
农林局目前调集了一批蓝藻打捞船，在沿湖地区进行打捞，但是人工作业，而且必须在蓝藻数量达到一定程度之后才能进行，所以这只是治标之法。
近年来，“引江济太”被认为是太湖治理的重要措施——太湖水质在靠近苏州的东太湖和靠近无锡的西太湖有很大不同，东太湖水质明显优于西太湖，主要是由于望虞河的调水作用——因此有专家认为，长江水入西太湖对改善太湖水质作用极大。
但实际上，但随着长江水质逐渐恶化，部分水质指标已经与太湖非常接近，有的指标(如磷)已超过太湖，长江作为“引江济太”清洁水的来源将难以为继。
从此意义上说，“引江济太”只能作为临时应急措施，不能作为一种常态方法使用。
另外一种已经采取的治藻的方式是进行太湖生态修复工程。
2004年，国家和地方政府投入了近20亿资金，对太湖的五里湖地区进行了重点治理，整改湖滨带，清理了一些废弃鱼塘；采用了梅梁湾水源地水质改善技术、河网区面源污染控制成套技术、重污染水体底泥环保疏浚与生态重建三大技术。
“确实有了很好的效果，五里湖的水质也的确有所改善�！绷趿杩隙苏庵址绞�，也认为在梅梁湖等主要污染湖区都可以采取这种方式，进行修护。
但是，刘凌认为，生态修护必须要有个前提——首先控源。这也是很多学者一致的意见，如果污染源头不控制住，“边治理、边污染”最终还是看不到什么效果。
从1995年起，太湖就被列入国家“三河三湖”水污染防治的重点，10年的治理中，各级政府都投入了大量资金，建设了大批工程。10年间，仅围绕国家太湖水污染防治“十五”计划的落实，江苏省就投入了80多亿元，建设了包括77座污水处理厂在内的9大类共176项水环境综合整治工程。
然而所有的努力，都被污染的加剧所淹没。太湖流域经济的繁荣，创造了占国内生产总值的10%、财政收入16%的奇迹。但由于“重经济发展、轻环境�；ぁ�，太湖湖泊生态系统结构遭受空前破坏，连续多年发生了湖泊萎缩、功能衰退、水质污染、湿地减少等现象。有资料显示，因太湖整个水质污染造成的损失每年大约在50亿元左右。
据统计，2005年太湖治理一期总投资约人民币100亿元。即将开始的太湖治理二期工程预算投资甚至达到了1000亿元。
而真正把太湖恢复到鱼肥水美将付出的代价可能是更为巨大的。曾有日本专家经过两年调查，认为太湖水质要在10年内恢复到上世纪80年代初的水平，最少要投入2251.5亿元�！�
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